Lors du lancement des aides financières en mars 2020, les taux d'intérêt étaient de 0,0 pour cent pour les crédits jusqu'à 500'000 francs, respectivement de 0,5 pour cent pour les crédits supérieurs à 500'000 francs. Pour fixer les taux d'intérêt, le Conseil fédéral tient compte du niveau du taux directeur de la Banque nationale suisse (BNS), des distorsions du marché, de l'amortissement, du financement croisé entre secteurs d’activité et du caractère supportable du crédit. En 2021 et 2022, des réexamens ont eu lieu au 31 mars. Ces derniers n’avaient pas conduit à une adaptation des taux d'intérêt pour les crédits COVID-19. Les taux d'intérêt déterminants étaient négatifs à ces dates. Suite à la hausse répétée du taux directeur de la BNS à partir de l'été 2022, le Conseil fédéral a décidé, au 31 mars 2023, d'augmenter les taux d'intérêt des crédits COVID-19 jusqu'à 500'000 francs de 0,0 pour cent à 1,5 pour cent et des crédits COVID-19 supérieurs à 500'000 francs de 0,5 pour cent à 2,0 pour cent. À la fin mars 2024, il n'y a pas eu d'ajustement des taux d'intérêt pour les crédits COVID-19.
À la fin mars 2025, le Conseil fédéral réexaminera les taux d'intérêt pour les crédits COVID-19. L'évolution actuelle du taux directeur de la BNS suggère une possible baisse des taux d'intérêt des crédits COVID-19.
Le Secrétariat d'Etat aux questions financières internationales (SFI) au sein du Département fédéral des finances (DFF) est responsable de cette affaire.
