Bei der Lancierung der Finanzhilfen im März 2020 betrugen die Zinssätze 0,0 Prozent für Kredite bis 500'000 Franken beziehungsweise 0,5 Prozent für Kredite über 500'000 Franken. Der Bundesrat berücksichtigt bei der Festlegung der Zinssätze die Höhe des Leitzinses der Schweizerischen Nationalbank (SNB) sowie Marktverzerrungen, Amortisation, Querfinanzierung zwischen den Branchen und Tragbarkeit. In den Jahren 2021 und 2022 erfolgten jeweils per 31. März Überprüfungen, die zu keiner Anpassung der Zinssätze für die Covid-19-Kredite führten. Zu diesen Zeitpunkten befanden sich die massgebenden Zinssätze im negativen Bereich. Aufgrund wiederholten Anstiegs des SNB-Leitzinses ab Sommer 2022, beschloss der Bundesrat per 31. März 2023, die Zinssätze für Covid-19-Kredite bis 500'000 Franken von 0,0 auf 1,5 Prozent und für Covid-19-Kredite über 500'000 Franken von 0,5 auf 2,0 Prozent zu erhöhen. Per Ende März 2024 erfolgte keine Anpassung der Zinssätze für die Covid-19-Kredite.
Per Ende März 2025 überprüft der Bundesrat erneut die Zinssätze für die Covid-19-Kredite. Die aktuelle Entwicklung des SNB-Leitzinses deutet auf eine mögliche Senkung der Zinssätze der Covid-19-Kredite hin.
Für das Geschäft zuständig ist das Staatssekretariat für internationale Finanzfragen (SIF) im Eidgenössischen Finanzdepartement (EFD).