Lors du lancement des aides financières en mars 2020, les taux d'intérêt étaient de 0 % pour les crédits jusqu'à 500'000 francs, respectivement de 0.5 % pour les crédits supérieurs à 500'000 francs. Pour fixer les taux d'intérêt, le Conseil fédéral tient compte du niveau du taux directeur de la Banque nationale suisse (BNS), des distorsions du marché, de l'amortissement, du financement croisé entre secteurs d’activité et du caractère supportable du crédit. Suite à la hausse répétée du taux directeur de la BNS à partir de l'été 2022, le Conseil fédéral a décidé, au 31 mars 2023, d'augmenter les taux d'intérêt des crédits COVID-19 jusqu'à 500'000 francs de 0 à 1.5 % et des crédits COVID-19 supérieurs à 500'000 francs de 0.5 à 2 %. À la fin mars 2024, il n'y a pas eu d'ajustement des taux d'intérêt pour les crédits COVID-19. En 2024 et 2025, la BNS a procédé à une série de baisses du taux d’intérêt. En conséquence, le Conseil fédéral a réduit, à la fin mars 2025, les taux d'intérêt des crédits COVID-19 jusqu'à 500’000 francs de 1.5 à 0.25 % et ceux des crédits COVID-19 de plus de 500’000 francs de 2 à 0.75 %.
À la fin mars 2026, le Conseil fédéral réexaminera les taux d'intérêt pour les crédits COVID-19. L'évolution actuelle du taux directeur de la BNS suggère une nouvelle baisse des taux d'intérêt des crédits COVID-19.
Le Secrétariat d'Etat aux questions financières internationales (SFI) au sein du Département fédéral des finances (DFF) est responsable de cette affaire.
