Im Jahr 2000 plante der Bundesrat die Anpassung eines Rundschreibens der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Vereinfachung des Einsatzes von Mitarbeiteroptionen für die neuen Unternehmen. Die Besteuerung erfolgte nämlich im Moment der Gewährung der Option. Für die Mitarbeitenden der neuen Unternehmen bedeutete dies, dass sie die Steuer bezahlen mussten, während die Risiken einer Unternehmensschliessung oder eines Kurszerfalls und damit des Verlustes der Option sehr hoch waren. Die Kantone hatten sich dieser Änderung widersetzt, ein Gesetzesentwurf wurde durch eine Expertenkommission vorbereitet und in die Vernehmlassung gegeben. In der Botschaft vom 17. November 2004⁽⁵¹⁾ zum Bundesgesetz über die Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen wird vorgeschlagen, die Mitarbeitenden zum Zeitpunkt der Ausübung der Option zu besteuern, wobei der Steuerbetrag entsprechend der Haltedauer und der Sperrfrist der Option reduziert wird.

Die Option ist von grossem Interesse für die neuen Unternehmen, denn sie erlaubt ihnen mit niedrigen Kosten und ohne das Risiko der Verwässerung des Kapitals, die Mitarbeitenden an den zukünftigen Gewinnen zu beteiligen, die dank der Wertsteigerung der Aktie des Unternehmens erzielt werden. Da das neue Besteuerungssystem nicht nur auf die Mitarbeitenden von Start-ups beschränkt war, sondern auch die Kader der Grosskonzerne betraf, wurde die Vorlage stark kritisiert. Sie wurde als Instrument zur Bevorzugung einer Minderheit angeprangert, durch das die auf die Einkommensbesteuerung angewandten Regeln umgangen würden. Nachdem der Ständerat die Vorlage im Mai 2005 angenommen hatte, wurde sie durch den Nationalrat teilweise modifiziert und die Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Ständerates (WAK-S) hat die Bundesverwaltung aufgefordert, zu präzisieren, wie viele Personen von diesen Vorteilen profitieren könnten, um das allfällige Ausmass der Steuerausfälle einschätzen zu können. Zurzeit ist die Vorlage daher blockiert.